行政事业单位审计应用系统V3.1》是《金剑审计软件——行政事业版V2.1》的升级版本，对计算机辅助审计功能进行了扩充、细化，对相关模块进行了调整，使其功能更加强大、业务流程更贴近审计工作实际。
《行政事业单位审计应用系统V3.1》严格遵循现行审计准则和财务会计制度，考虑了审计、会计信息化、网络化的发展趋势，着重解决审计对财务系统电子数据的计算机处理以及开展单站点移动审计和审计业务网络支持，提供给审计人员一种高起点的现代化计算机辅助审计工具。
《行政事业单位审计应用系统V3.1》适用于国家审计机关、内部审计机构对行政事业单位进行财务收支审计和专项审计，也适用于对有关单位的预算执行情况审计。